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»Selbstregulierung des Herzens« entfaltet ein vielfältiges Panorama des Lebens in der DDR und im frisch wieder vereinigten Deutschland. Im Zentrum stehen Georg, der anfangs noch hofft, seinen Staat mithilfe von ersten Computern und Kybernetik vorwärtszubringen, und die Künstlerin Mona. Um sie herum entwickelt sich ein reiches Ensemble an Figuren: der illusionslose Intellektuelle Roland, der in den Westen flieht; Marlies, die versucht, das System von innen zu reformieren, sowie die Künstlerfreunde Monas. Alle treffen sich in einem Dorf in der Nähe von Wandlitz, wo bald seltsame geheime Bautätigkeiten beginnen.